軍用機場

位于扎芬特姆的機場歷史可回到1940年，當時納粹德國占領軍規定要賠賞布魯塞爾以東的農地600公頃（1500英畝），地點接近比利時軍隊后備機場“Steenokkerzeel”。德軍建造了三條跑道，形成一個三角形，其中兩條跑道（02/20跑道和07L/25R跑道）還在使用，另外一條跑道（12/30跑道）已經消失。機場建筑物在德軍占領區內建造，接近Melsbroek直轄市，而不是在扎芬特姆，所以當地人會稱這機場為Melsbroek機場，德國人會稱"Fliegerhorst Melsbroek"。這個機場曾有一個現代傳說，就是在德軍在選擇地方建機場時，曾經問過當地人，當地人便指向現時機場位置，但其實那位置是時常大霧的。

軍民兩用機場

在1944年9月3日，在Melsbroek的德國基礎設施交由英國管理。當時因為位于哈倫的舊民用機場太小，比利時當局決定去在Melsbroek建造一個新的國家機場。到1948年，一位新的客運大樓建成，并取代舊有的木制建筑物。同年，02/20跑道和07L/25R跑道都分別延長至1,200米（3,900英尺）和2,450米（8,040英尺），而12/30跑道并沒有延長，維持跑道長1,300米（4,300英尺）。在1948年7月20日，Melsbroek的民用機場由攝政王查里宣布正式啟用。在1948年至1956年間，機場內加設了許多設施與建筑物，大部分位置都是在Melsbroek的那一邊。

在1955年，連接布魯塞爾市中心和機場的一條鐵路線落成。并在1955年5月15日由博杜安一世宣布啟用。另外，連接魯汶、列日與機場的鐵路線在2005年12月12日啟用。

在1956年，一條長2,300米（7,500英尺）的跑道建成，并命名為07R/25L跑道，與07L/25R跑道平行。跑道現在還在使用，而且還延長至3,200米（10,500英尺）。在1956年4月，比利時內閣決定去建造一個新機場，使用現有的跑道，但是機場建筑物并建在扎芬特姆直轄市。在1957年4月，開始建造新的客運大樓，準備1958年布魯塞爾世界博覽會。建造通道連接12/30的草地跑道。新機場在1958年7月5日啟用，日子接近博覽會開幕日期。因此在歷史上，扎芬特姆機場的啟用日期為1958年7月5日。順帶一題，位于Melsbroek的機場建筑物還在使用，現時是讓比利時空軍（第15航空運輸聯隊）使用，也被稱為Melsbroek機場。兩座機場使用相同的跑道。

商業航空發展至現在

在60至70年代，商業航空的發展非常快，所以機場也在這時建造了數個機庫。并在1976年建造了一個貨運站。在1994年，機場建造了一個新的客運大樓，去取代了1958年建成的客運大樓。兩個舊的碼頭被新的和現代化的碼頭取代。在2002年，薩貝納航空倒閉之后，航站樓A啟用了，初時負責神根公約國家的航班，直至2008年10月15日，改為負責目的地非洲的航班（位置T閘口）。

在2007年，機場的客運量為1780萬，比2006年上升7%。貨運量為78萬公噸，比2006年上升8.9%。在2008年，機場的客運量為1850萬，比2007年上升3.7%。

薩貝納航空的倒下，曾大幅影響客運量，但之后慢慢地回復過來。而機場的未來是關乎弗蘭德政府和布魯塞爾首都大區爭議有關夜間航線。

一個建造新的碼頭給予低成本航空公司的計劃正在進行，位置大約是在南碼頭的附近。現時，數間低成本航空公司，包括瑞安航空和威茲航空，都設立目的地于布魯塞爾南機場，距離布魯塞爾40公里（25英里）。

在2009年3月，機場內舊有的，使用機械式運作的航班信息顯示系統，被電子顯示屏取代。

在2009年9月，機場管理公司的首席執行官Wilfried Van Assche辭職。基中一個（非官方）原因是延遲建造低成本航空公司的客運大樓和與52間航空公司的稅收歧視訴訟。在2010年2月，阿爾諾費斯特成為新的機場管理公司的首席執行官。而公司總裁是Luc Van den Bossche（前比利時政府部長）。